django_simple/todo/templates/tutorial.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 In order to submit a job you need to provide its name:</h4>
   8 <p>
   9 <img src="static/name.png" style="border:2px solid blueviolet">
  10
  11 UNRES server allows three types of simulations:
  12 local minimization, molecular dynamics, replica exchange molecular dynamics:
  13 <p>
  14 <img src="static/types.png" style="border:2px solid blueviolet">
  15 <p>
  16 Use "Save & submit" button to start calculations.
  17 <p>
  18 Use "Refresh" button to check the status of simulation:
  19 <p>
  20 <img src="static/refresh.png" style="border:2px solid blueviolet">
  21 <p>
  22 until
  23 <img src="static/done.png" style="border:2px solid blueviolet">
  24 <p>
  25
  26
  27 <h4>Use "Load example data" button before submitting calculations
  28 to try all examples listed below:</h4>
  29 <p>
  30 <ol>
  31 <h4><li>Local minimization of protein A (PDB code:1BDD) structure</h4>
  32 <div>
  33     <fieldset class="majorpoints">
  34         <legend class="majorpointslegend"
  35             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  36
  37     <div class="hiders" style="display:none" >
  38 <p>
  39 <img src="static/min.png" style="border:2px solid blueviolet">
  40
  41
  42 The results of local minimizations show the UNRES model, its total energy
  43 and overlap on starting structure:
  44 <p>
  45 <a href="static/min1.png"><img src="static/min1.png" width="300px"></a>
  46 <a href="static/min2.png"><img src="static/min2.png" width="300px"></a>
  47 </div>
  48 </div>
  49
  50 <hr>
  51 <h4><li>Molecular dynamics of IGG-binding domain from streptococcal protein G
  52 (PDB code:1IGD) starting from the native structure</h4>
  53 <div>
  54     <fieldset class="majorpoints">
  55         <legend class="majorpointslegend"
  56             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  57
  58     <div class="hiders" style="display:none" >
  59
  60 <p>
  61 <img src="static/md.png" style="border:2px solid blueviolet">
  62 <p>
  63 The results of md simulations show temperature histogram,
  64 potential energy changes, evolution of radius of gyration,
  65 RMSD, fraction of native contacts, and CA fluctuations:
  66 <p>
  67 <a href="static/md1.png"><img src="static/md1.png" width="300px"></a>
  68 <a href="static/md2.png"><img src="static/md2.png" width="300px"></a>
  69 <a href="static/md3.png"><img src="static/md3.png" width="300px"></a>
  70 <a href="static/md4.png"><img src="static/md4.png" width="300px"></a>
  71 <a href="static/md5.png"><img src="static/md5.png" width="300px"></a>
  72 <a href="static/md6.png"><img src="static/md6.png" width="300px"></a>
  73 <a href="static/md7.png"><img src="static/md7.png" width="300px"></a>
  74 <a href="static/md8.png"><img src="static/md8.png" width="300px"></a>
  75 <p>
  76 Evolution of RMSD, fraction of native contacts and
  77 comparison of CA fluctuations to Bfactor is presented
  78 only when reference structure is provided as in this case.
  79 </div>
  80 </div>
  81 <hr>
  82 <h4><li>
  83 Replica exchange molecular dynamics of Trp-Cage miniprotein (PDB
  84 code:1L2Y) starting from the extended chain </h4>
  85 <div>
  86     <fieldset class="majorpoints">
  87         <legend class="majorpointslegend"
  88             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  89
  90     <div class="hiders" style="display:none" >
  91 <img src="static/remd.png" style="border:2px solid blueviolet">
  92 <p>
  93
  94 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
  95 energy vs temperature are presented.
  96 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
  97 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
  98 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
  99 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 100 <p>
 101 <a href="static/remd1.png"><img src="static/remd1.png" width="300px"></a>
 102 <a href="static/remd2.png"><img src="static/remd2.png" width="300px"></a>
 103 <a href="static/remd3.png"><img src="static/remd3.png" width="300px"></a>
 104 <a href="static/remd4.png"><img src="static/remd4.png" width="300px"></a>
 105 <a href="static/remd5.png"><img src="static/remd5.png" width="300px"></a>
 106 <a href="static/remd6.png"><img src="static/remd6.png" width="300px"></a>
 107 <a href="static/remd7.png"><img src="static/remd7.png" width="300px"></a>
 108 <a href="static/remd8.png"><img src="static/remd8.png" width="300px"></a>
 109 <p>
 110 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 111 and representative model from each family is converted to all-atom
 112 and refined.
 113 <p>
 114 <a href="static/remd9.png"><img src="static/remd9.png" width="300px"></a>
 115
 116 <p>
 117
 118
 119 </div>
 120 </div>
 121 <hr>
 122 Advanced mode allows for changes of more parameters of each type of
 123 simulation. Separate examples are provided: minimization of 1EI0 with
 124 dissulfide bonds, MD simulations of 1L2Y starting from extended chain
 125 and replica exchange simulations of 1E0G starting form extended chain
 126 using new UNRES force field and Berendsen thermostat.
 127
 128 <script src="/static/jquery.min.js"></script>
 129
 130 <script>
 131 $('.majorpoints').click(function(){
 132     $(this).find('.hiders').toggle();
 133     if($(this).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
 134         $(this).find('.majorpointslegend').text('Hide');
 135     }else{
 136         $(this).find('.majorpointslegend').text('Show');
 137     }
 138 });
 139 </script>
 140
 141
 142 {% endblock %}