django_simple/todo/templates/input.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 Input data description:</h4>
   8 <p>
   9 <ol>
  10 <li>
  11 As input Unres server can use protein sequence given using one letter code
  12 (with XX to mark a new chain) or PDB files.
  13 <li>
  14 Only standard codes of aminoacids are recognized in PDB files.
  15 <li>
  16 PDB files can be downloaded from the PDB database based on given PDB code.
  17 To select only single chain from use PDB_code:chain_id notation (5G3Q:B)
  18 <li>
  19 Unres server requires input PDB files with continuous (without breaks)
  20 protein chains. PDB files with gaps in the structure have to be first prepared
  21 by filling up all missing residues. There is a plan to add such service to
  22 the UNRES server but currently, a user has to model missing fragment using
  23 external software or online servers (for example Modeller software, Modloop
  24 server).
  25 <li>
  26 Disulfide bonds are read from PDB based on SSBOND records and for multichain
  27 protein proper chain records are necessary. See example:
  28 <pre>
  29 SSBOND   1 CYS C  107    CYS C  138
  30 SSBOND   2 CYS C  124    CYS C  139
  31 SSBOND   3 CYS C  137    CYS C  149
  32 SSBOND   4 CYS D  107    CYS D  138
  33 SSBOND   5 CYS D  124    CYS D  139
  34 SSBOND   6 CYS D  137    CYS D  149
  35 </pre>
  36 <li> A protein structure with disulfide bonds and no corresponding
  37 SSBOND records will result in clashes and a very high energy
  38 which can crash calculations.
  39 <li>
  40 TER records in PDB file are read to recognize chain's ends.
  41 <li>
  42 Distance distribution (from SAXS experiment) can be added for MREMD
  43 simulation in advanced mode. First column distance in  Angstroms, second column
  44 distribution function value (separated by space).
  45 <li>
  46 Secondary structure restraints can be added to MD and MREMD
  47 simulation in advanced mode. Sequence of letters H,E and C or - for each
  48 residue is used to input helical, extended and no restraints, respectively.
  49 </ol>
  50 {% endblock %}