django_simple/todo/templates/input.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 Input data description:</h4>
   8 <p>
   9 <ol>
  10 <li>
  11 As input Unres server can use protein sequence given using one letter code
  12 (with XX to mark a new chain) or PDB files.
  13 <li>
  14 Only standard codes of aminoacids are recognized in PDB files.
  15 <li>
  16 Unres server requires input PDB files with continuous (without breaks)
  17 protein chains. PDB files with gaps in the structure have to be first prepared
  18 by filling up all missing residues. There is a plan to add such service to
  19 the UNRES server but currently, a user has to model missing fragment using
  20 external software or online servers (for example Modeller software, Modloop
  21 server).
  22 <li>
  23 Disulfide bonds are read from PDB based on SSBOND records and for multichain
  24 protein proper chain records are necessary. See example:
  25 <pre>
  26 SSBOND   1 CYS C  107    CYS C  138
  27 SSBOND   2 CYS C  124    CYS C  139
  28 SSBOND   3 CYS C  137    CYS C  149
  29 SSBOND   4 CYS D  107    CYS D  138
  30 SSBOND   5 CYS D  124    CYS D  139
  31 SSBOND   6 CYS D  137    CYS D  149
  32 </pre>
  33 <li> A protein structure with disulfide bonds and no corresponding
  34 SSBOND records will result in clashes and a very high energy
  35 which can crash calculations.
  36 <li>
  37 TER records in PDB file are read to recognize chain's ends.
  38 <li>
  39 Distance distribution (from SAXS experiment) can be added for MREMD
  40 simulation in advanced mode. First column distance in  Angstroms, second column
  41 distribution function value (separated by space).
  42 <li>
  43 Secondary structure restraints can be added to MD and MREMD
  44 simulation in advanced mode. Sequence of letters H,E and C or - for each
  45 residue is used to input helical, extended and no restraints, respectively.
  46 </ol>
  47 {% endblock %}