django_simple/todo/templates/input.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 Input data description:</h4>
   8 <p>
   9 <ol>
  10 <li>
  11 As input Unres server can use protein sequence given using one letter code
  12 (with XX to mark a new chain) or PDB files.
  13 <li>
  14 Only standard codes of aminoacids are recognized in PDB files.
  15 <li>
  16 Unres server requires input PDB files with continuous (without breaks)
  17 protein chains. PDB files with gaps in the structure have to be first prepared
  18 by filling up all missing residues. There is a plan to add such service to
  19 the UNRES server but currently, a user has to model missing fragment using
  20 external software or online servers (for example Modeller software, Modloop
  21 server).
  22 <li>
  23 Disulfide bonds are read from PDB based on SSBOND records and for multichain
  24 protein COMPND record with propers CHAIN: tokens listing all chains in the
  25 PDB file. See example:
  26 <pre>
  27 COMPND   3 CHAIN: A, B, C, D;
  28 SSBOND   1 CYS C  107    CYS C  138
  29 SSBOND   2 CYS C  124    CYS C  139
  30 SSBOND   3 CYS C  137    CYS C  149
  31 SSBOND   4 CYS D  107    CYS D  138
  32 SSBOND   5 CYS D  124    CYS D  139
  33 SSBOND   6 CYS D  137    CYS D  149
  34 </pre>
  35 <li> A protein structure with disulfide bonds and no corresponding
  36 SSBOND records will result in clashes and a very high energy
  37 which can crash calculations.
  38 <li>
  39 TER records in PDB file are read to recognize chain's ends.
  40 <li>
  41 Distance distribution (from SAXS experiment) can be added for MREMD
  42 simulation in advanced mode. First column distance, second column
  43 distribution function value (separated by space).
  44 </ol>
  45 {% endblock %}