django_simple/todo/templates/input.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 Input data description:</h4>
   8 <p>
   9 <ol>
  10 <li>
  11 As input Unres server can use protein sequence given using one letter code
  12 (with XX to mark a new chain) or PDB files.
  13 <li>
  14 Only standard codes of aminoacids are recognized in PDB files.
  15 <li>
  16 PDB files can be downloaded from the PDB database based on given PDB code.
  17 To select only a single chain use PDB_code:chain_id notation (for example
  18 5G3Q:B), chain_id is case sensitive. For the PDB files containing multiple
  19 models, only the first models is taken.
  20 <li>
  21 Unres server requires input PDB files with continuous (without breaks)
  22 protein chains. PDB files with gaps in the structure have to be first prepared
  23 by filling up all missing residues. There is a plan to add such service to
  24 the UNRES server but currently, a user has to model missing fragment using
  25 external software or online servers (for example Modeller software, Modloop
  26 server).
  27 <li>
  28 Disulfide bonds are read from PDB based on SSBOND records and for multichain
  29 protein proper chain records are necessary. See example:
  30 <pre>
  31 SSBOND   1 CYS C  107    CYS C  138
  32 SSBOND   2 CYS C  124    CYS C  139
  33 SSBOND   3 CYS C  137    CYS C  149
  34 SSBOND   4 CYS D  107    CYS D  138
  35 SSBOND   5 CYS D  124    CYS D  139
  36 SSBOND   6 CYS D  137    CYS D  149
  37 </pre>
  38 <li> A protein structure with disulfide bonds and no corresponding
  39 SSBOND records will result in clashes and a very high energy
  40 which can crash calculations.
  41 <li>
  42 TER records in PDB file are read to recognize chain's ends.
  43 <li>
  44 Distance distribution (from SAXS experiment) can be added for MREMD
  45 simulation in advanced mode. First column distance in  Angstroms, second column
  46 distribution function value (separated by space).
  47 <li>
  48 Secondary structure restraints can be added to MD and MREMD
  49 simulation in advanced mode. Sequence of letters H,E and C or - for each
  50 residue is used to input helical, extended and no restraints, respectively.
  51 <li>
  52 For MD simulations by default the snapshots are written in PDB format to be
  53 displayed by NGLViewer. In advanced mode, the user can request the compressed
  54 cx format, which is recommended for larger jobs. In this case, the movie
  55 in mp4 and ogv formats are rendered and displayed. The movie files can also
  56 be downloaded for further use.
  57 </ol>
  58 {% endblock %}