django_simple/todo/models.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import logging
   4 from django.db import models
   5 from django.contrib.auth.models import User
   6 from django.utils import timezone
   7 import json
   8
   9 MIN_CHOICE = (('minimize cart','minimize'),('minimize regular','regularize'),('minimize softreg','soft regularize'),('minimize','minimize internal coordinates'))
  10 MD_START= (('extconf','extended chain'),('pdbstart','start from pdb'),('rand_conf','random chain'))
  11 MD_LANG = (('langevin','Langevin'),('berendsen','Berendsen'))
  12 FF_CHOICE = (('E0LL2Y','JCC 30 2127 (2009) + JCTC 11 817831 (2015)'),('opt-wtfsa-2','JCIM 10.1021/acs.jcim.7b00254 (2017)'))
  13
  14 logger = logging.getLogger(__name__)
  15
  16 def user_directory_path(instance, filename):
  17     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik.pdb
  18     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik.pdb')
  19
  20
  21 # Create your models here.
  22 class Task(models.Model):
  23
  24     name = models.TextField(max_length=100)
  25
  26     ssbond = models.TextField(max_length=2000,default='')
  27 #    def setssbond(self,x):
  28 #       self.ssbond = json.dumps(x)
  29 #    def getssbond(self):
  30 #       return json.loads(self.ssbond)
  31
  32     unres_ff = models.CharField(max_length=20,choices=FF_CHOICE,default='E0LL2Y')
  33 # minimization
  34     min_choice = models.CharField(max_length=20,choices=MIN_CHOICE,default='minimize cart')
  35     min_overlap = models.BooleanField(default=False)
  36     min_searchsc = models.BooleanField(default=False)
  37     min_maxmin = models.IntegerField(default=10000)
  38     min_maxfun = models.IntegerField(default=15000)
  39     min_pdbout = models.BooleanField(default=True)
  40     myfile1 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path)
  41     min_unres_pdb = models.BooleanField(default=False)
  42
  43 # minimization output
  44     etot = models.FloatField(default=0)
  45
  46 # output
  47     results_text = models.TextField(default='')
  48
  49 #md
  50     md_seed =  models.IntegerField(default=-312345)
  51     md_start = models.CharField(max_length=10,choices=MD_START,default='extconf')
  52     md_pdbref = models.BooleanField(default=False)
  53     md_respa = models.BooleanField(default=True)
  54     md_temp = models.FloatField(default=300.0)
  55     md_nstep = models.IntegerField(default=200000)
  56     md_ntwe = models.IntegerField(default=100)
  57     md_ntwx = models.IntegerField(default=100)
  58     md_dt = models.FloatField(default=0.20)
  59     md_lang = models.CharField(max_length=10,choices=MD_LANG,default='langevin')
  60     md_tau = models.FloatField(default=1.0)
  61     md_scal_fric = models.FloatField(default=0.02)
  62     md_mdpdb = models.BooleanField(default=False)
  63     md_seq = models.TextField(max_length=2000,default='')
  64
  65 #remd
  66     remd_nrep = models.IntegerField(default=8)
  67     remd_nstex = models.IntegerField(default=1000)
  68     remd_multi_t = models.TextField(max_length=1000,default='["270", "280", "290", "300", "310", "320", "330", "345"]')
  69     remd_multi_m = models.TextField(max_length=1000,default='["1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1"]')
  70 #    remd_traj1file = models.BooleanField(default=True)
  71 #    remd_rest1file = models.BooleanField(default=True)
  72     remd_cluter_temp = models.FloatField(default=280)
  73     remd_model1 = models.TextField(default='')
  74     remd_model2 = models.TextField(default='')
  75     remd_model3 = models.TextField(default='')
  76     remd_model4 = models.TextField(default='')
  77     remd_model5 = models.TextField(default='')
  78
  79 # system
  80     ready = models.BooleanField(default=False)
  81     done = models.BooleanField(default=False)
  82     running = models.IntegerField(default=0)
  83     type = models.CharField(max_length=100,default='')
  84     owner = models.ForeignKey(User,default=1)
  85     created_date = models.DateTimeField(default=timezone.now)
  86     jobdirname = models.CharField(max_length=100,default='')
  87
  88     def __str__(self):
  89         if self.done:
  90             return "%s (done)" % self.name
  91         else:
  92             return self.name
  93
  94     def save(self, *args, **kwargs):
  95         logger.warning("Task model change (name=%s)" % self.name)
  96         logger.warning("Task model change (owner=%s)" % self.owner)
  97         super(Task, self).save(*args, **kwargs)