django_simple/todo/models.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import logging
   4 from django.db import models
   5 from django.contrib.auth.models import User
   6 from django.utils import timezone
   7 import json
   8
   9 MIN_CHOICE = (('minimize cart','minimize'),('minimize regular','regularize'),('minimize softreg','soft regularize'),('minimize','minimize internal coordinates'))
  10 MD_START= (('extconf','extended chain'),('pdbstart','start from pdb'),('rand_conf','random chain'))
  11 MD_LANG = (('langevin','Langevin'),('berendsen','Berendsen'))
  12 FF_CHOICE = (('FF2','FF2 = JCC 30 2127 (2009) + JCTC 11 817-831 (2015)'),('opt-wtfsa-2','OPT-WTFSA-2 = JCIM 57 2364-2377 (2017)'))
  13
  14 logger = logging.getLogger(__name__)
  15
  16 def user_directory_path(instance, filename):
  17     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik.pdb
  18     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik.pdb')
  19
  20 def user_directory_path2(instance, filename):
  21     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik2.pdb
  22     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik2.pdb')
  23
  24
  25 # Create your models here.
  26 class Task(models.Model):
  27
  28     name = models.TextField(max_length=100)
  29
  30     ssbond = models.TextField(max_length=2000,default='')
  31 #    def setssbond(self,x):
  32 #       self.ssbond = json.dumps(x)
  33 #    def getssbond(self):
  34 #       return json.loads(self.ssbond)
  35
  36     unres_ff = models.CharField(max_length=20,choices=FF_CHOICE,default='FF2')
  37     pdbcode = models.CharField(max_length=6,default='')
  38 # minimization
  39     min_choice = models.CharField(max_length=20,choices=MIN_CHOICE,default='minimize cart')
  40     min_overlap = models.BooleanField(default=False)
  41     min_searchsc = models.BooleanField(default=False)
  42     min_maxmin = models.IntegerField(default=10000)
  43     min_maxfun = models.IntegerField(default=15000)
  44     min_pdbout = models.BooleanField(default=True)
  45     myfile1 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path)
  46     min_unres_pdb = models.BooleanField(default=False)
  47     boxx = models.FloatField(default=1000.0)
  48     boxy = models.FloatField(default=1000.0)
  49     boxz = models.FloatField(default=1000.0)
  50
  51 # minimization output
  52     etot = models.FloatField(default=0)
  53
  54 # output
  55     results_text = models.TextField(default='')
  56
  57 #md
  58     md_seed =  models.IntegerField(default=-312345)
  59     md_start = models.CharField(max_length=10,choices=MD_START,default='extconf')
  60     md_pdbref = models.BooleanField(default=False)
  61     md_respa = models.BooleanField(default=True)
  62     md_temp = models.FloatField(default=300.0)
  63     md_nstep = models.IntegerField(default=200000)
  64     md_ntwe = models.IntegerField(default=100)
  65     md_ntwx = models.IntegerField(default=100)
  66     md_dt = models.FloatField(default=0.20)
  67     md_lang = models.CharField(max_length=10,choices=MD_LANG,default='langevin')
  68     md_tau = models.FloatField(default=1.0)
  69     md_scal_fric = models.FloatField(default=0.02)
  70     md_mdpdb = models.BooleanField(default=False)
  71     md_seq = models.TextField(max_length=2000,default='')
  72     md_2d = models.TextField(max_length=2000,default='')
  73
  74 #remd
  75     remd_nrep = models.IntegerField(default=8)
  76     remd_nstex = models.IntegerField(default=1000)
  77     remd_multi_t = models.TextField(max_length=1000,default='["270", "280", "290", "300", "310", "320", "330", "345"]')
  78     remd_multi_m = models.TextField(max_length=1000,default='["1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1"]')
  79 #    remd_traj1file = models.BooleanField(default=True)
  80 #    remd_rest1file = models.BooleanField(default=True)
  81     remd_cluter_temp = models.FloatField(default=280)
  82     remd_model1 = models.TextField(default='')
  83     remd_model2 = models.TextField(default='')
  84     remd_model3 = models.TextField(default='')
  85     remd_model4 = models.TextField(default='')
  86     remd_model5 = models.TextField(default='')
  87
  88 #saxs
  89     scal_rad = models.FloatField(default=1.0)
  90     wsaxs = models.FloatField(default=1000.0)
  91     saxs_data = models.TextField(max_length=10000,default='')
  92
  93 #dock
  94     myfile2 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path2)
  95     pdbcode2 = models.CharField(max_length=6,default='')
  96
  97 # system
  98     ready = models.BooleanField(default=False)
  99     done = models.BooleanField(default=False)
 100     running = models.IntegerField(default=0)
 101     type = models.CharField(max_length=100,default='')
 102     owner = models.ForeignKey(User,default=1)
 103     created_date = models.DateTimeField(default=timezone.now)
 104     jobdirname = models.CharField(max_length=100,default='')
 105     example = models.CharField(max_length=10,default='')
 106     damino = models.BooleanField(default=False)
 107
 108     def __str__(self):
 109         if self.done:
 110             return "%s (done)" % self.name
 111         else:
 112             return self.name
 113
 114     def save(self, *args, **kwargs):
 115         logger.warning("Task model change (name=%s)" % self.name)
 116         logger.warning("Task model change (owner=%s)" % self.owner)
 117         super(Task, self).save(*args, **kwargs)