django_simple/todo/models.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import logging
   4 from django.db import models
   5 from django.contrib.auth.models import User
   6 from django.utils import timezone
   7 import json
   8
   9 MIN_CHOICE = (('minimize cart','minimize'),('minimize regular','regularize'),('minimize softreg','soft regularize'),('minimize','minimize internal coordinates'))
  10 MD_START= (('extconf','extended chain'),('pdbstart','start from pdb'),('rand_conf','random chain'))
  11 MD_LANG = (('langevin','Langevin'),('berendsen','Berendsen'))
  12 FF_CHOICE = (('FF2','FF2 = JCC 30 2127 (2009) + JCTC 11 817-831 (2015)'),('opt-wtfsa-2','OPT-WTFSA-2 = JCIM 57 2364-2377 (2017)'))
  13
  14 logger = logging.getLogger(__name__)
  15
  16 def user_directory_path(instance, filename):
  17     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik.pdb
  18     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik.pdb')
  19
  20
  21 # Create your models here.
  22 class Task(models.Model):
  23
  24     name = models.TextField(max_length=100)
  25
  26     ssbond = models.TextField(max_length=2000,default='')
  27 #    def setssbond(self,x):
  28 #       self.ssbond = json.dumps(x)
  29 #    def getssbond(self):
  30 #       return json.loads(self.ssbond)
  31
  32     unres_ff = models.CharField(max_length=20,choices=FF_CHOICE,default='FF2')
  33     pdbcode = models.CharField(max_length=6,default='')
  34 # minimization
  35     min_choice = models.CharField(max_length=20,choices=MIN_CHOICE,default='minimize cart')
  36     min_overlap = models.BooleanField(default=False)
  37     min_searchsc = models.BooleanField(default=False)
  38     min_maxmin = models.IntegerField(default=10000)
  39     min_maxfun = models.IntegerField(default=15000)
  40     min_pdbout = models.BooleanField(default=True)
  41     myfile1 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path)
  42     min_unres_pdb = models.BooleanField(default=False)
  43     boxx = models.FloatField(default=1000.0)
  44     boxy = models.FloatField(default=1000.0)
  45     boxz = models.FloatField(default=1000.0)
  46
  47 # minimization output
  48     etot = models.FloatField(default=0)
  49
  50 # output
  51     results_text = models.TextField(default='')
  52
  53 #md
  54     md_seed =  models.IntegerField(default=-312345)
  55     md_start = models.CharField(max_length=10,choices=MD_START,default='extconf')
  56     md_pdbref = models.BooleanField(default=False)
  57     md_respa = models.BooleanField(default=True)
  58     md_temp = models.FloatField(default=300.0)
  59     md_nstep = models.IntegerField(default=200000)
  60     md_ntwe = models.IntegerField(default=100)
  61     md_ntwx = models.IntegerField(default=100)
  62     md_dt = models.FloatField(default=0.20)
  63     md_lang = models.CharField(max_length=10,choices=MD_LANG,default='langevin')
  64     md_tau = models.FloatField(default=1.0)
  65     md_scal_fric = models.FloatField(default=0.02)
  66     md_mdpdb = models.BooleanField(default=False)
  67     md_seq = models.TextField(max_length=2000,default='')
  68     md_2d = models.TextField(max_length=2000,default='')
  69
  70 #remd
  71     remd_nrep = models.IntegerField(default=8)
  72     remd_nstex = models.IntegerField(default=1000)
  73     remd_multi_t = models.TextField(max_length=1000,default='["270", "280", "290", "300", "310", "320", "330", "345"]')
  74     remd_multi_m = models.TextField(max_length=1000,default='["1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1"]')
  75 #    remd_traj1file = models.BooleanField(default=True)
  76 #    remd_rest1file = models.BooleanField(default=True)
  77     remd_cluter_temp = models.FloatField(default=280)
  78     remd_model1 = models.TextField(default='')
  79     remd_model2 = models.TextField(default='')
  80     remd_model3 = models.TextField(default='')
  81     remd_model4 = models.TextField(default='')
  82     remd_model5 = models.TextField(default='')
  83
  84 #saxs
  85     scal_rad = models.FloatField(default=1.0)
  86     wsaxs = models.FloatField(default=1000.0)
  87     saxs_data = models.TextField(max_length=10000,default='')
  88
  89
  90 # system
  91     ready = models.BooleanField(default=False)
  92     done = models.BooleanField(default=False)
  93     running = models.IntegerField(default=0)
  94     type = models.CharField(max_length=100,default='')
  95     owner = models.ForeignKey(User,default=1)
  96     created_date = models.DateTimeField(default=timezone.now)
  97     jobdirname = models.CharField(max_length=100,default='')
  98     example = models.CharField(max_length=10,default='')
  99     damino = models.BooleanField(default=False)
 100
 101     def __str__(self):
 102         if self.done:
 103             return "%s (done)" % self.name
 104         else:
 105             return self.name
 106
 107     def save(self, *args, **kwargs):
 108         logger.warning("Task model change (name=%s)" % self.name)
 109         logger.warning("Task model change (owner=%s)" % self.owner)
 110         super(Task, self).save(*args, **kwargs)