django_simple/todo/models.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import logging
   4 from django.db import models
   5 from django.contrib.auth.models import User
   6 from django.utils import timezone
   7 import json
   8
   9 MIN_CHOICE = (('minimize cart','minimize'),('minimize regular','regularize'),('minimize softreg','soft regularize'),('minimize','minimize internal coordinates'))
  10 MD_START= (('extconf','extended chain'),('pdbstart','start from pdb'),('rand_conf','random chain'))
  11 MD_LANG = (('langevin','Langevin'),('berendsen','Berendsen'))
  12 FF_CHOICE = (('FF2','FF2 = JCC 30 2127 (2009) + JCTC 11 817-831 (2015)'),('opt-wtfsa-2','OPT-WTFSA-2 = JCIM 57 2364-2377 (2017)'),('NEWCT-9P','NEWCT-9P = JCP 150 155104 (2019)'))
  13
  14 logger = logging.getLogger(__name__)
  15
  16 def user_directory_path(instance, filename):
  17     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik.pdb
  18     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik.pdb')
  19
  20 def user_directory_path2(instance, filename):
  21     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik2.pdb
  22     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik2.pdb')
  23
  24 def user_directory_path3(instance, filename):
  25     # file will be uploaded to MEDIA_ROOT/<jobdirname>/plik3.nmr
  26     return '{0}/{1}'.format(instance.jobdirname, 'plik3.nmr')
  27
  28 # Create your models here.
  29 class Task(models.Model):
  30
  31     name = models.TextField(max_length=100)
  32
  33     ssbond = models.TextField(max_length=2000,default='')
  34 #    def setssbond(self,x):
  35 #       self.ssbond = json.dumps(x)
  36 #    def getssbond(self):
  37 #       return json.loads(self.ssbond)
  38
  39     unres_ff = models.CharField(max_length=20,choices=FF_CHOICE,default='FF2')
  40     pdbcode = models.CharField(max_length=6,default='')
  41 # minimization
  42     min_choice = models.CharField(max_length=20,choices=MIN_CHOICE,default='minimize cart')
  43     min_overlap = models.BooleanField(default=False)
  44     min_searchsc = models.BooleanField(default=False)
  45     min_maxmin = models.IntegerField(default=10000)
  46     min_maxfun = models.IntegerField(default=15000)
  47     min_pdbout = models.BooleanField(default=True)
  48     myfile1 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path)
  49     min_unres_pdb = models.BooleanField(default=False)
  50     boxx = models.FloatField(default=1000.0)
  51     boxy = models.FloatField(default=1000.0)
  52     boxz = models.FloatField(default=1000.0)
  53
  54 # minimization output
  55     etot = models.FloatField(default=0)
  56
  57 # output
  58     results_text = models.TextField(default='')
  59
  60 #md
  61     md_seed =  models.IntegerField(default=-312345)
  62     md_start = models.CharField(max_length=10,choices=MD_START,default='extconf')
  63     md_pdbref = models.BooleanField(default=False)
  64     md_respa = models.BooleanField(default=True)
  65     md_temp = models.FloatField(default=300.0)
  66     md_nstep = models.IntegerField(default=200000)
  67     md_ntwe = models.IntegerField(default=100)
  68     md_ntwx = models.IntegerField(default=1000)
  69     md_dt = models.FloatField(default=0.20)
  70     md_lang = models.CharField(max_length=10,choices=MD_LANG,default='langevin')
  71     md_tau = models.FloatField(default=1.0)
  72     md_scal_fric = models.FloatField(default=0.02)
  73     md_mdpdb = models.BooleanField(default=True)
  74     md_seq = models.TextField(max_length=2000,default='')
  75     md_2d = models.TextField(max_length=2000,default='')
  76     md_total_steps = models.IntegerField(default=200000)
  77
  78 #remd
  79     remd_nrep = models.IntegerField(default=8)
  80     remd_nstex = models.IntegerField(default=1000)
  81     remd_multi_t = models.TextField(max_length=1000,default='["270", "280", "290", "300", "310", "320", "330", "345"]')
  82     remd_multi_m = models.TextField(max_length=1000,default='["1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1"]')
  83 #    remd_traj1file = models.BooleanField(default=True)
  84 #    remd_rest1file = models.BooleanField(default=True)
  85     remd_cluter_temp = models.FloatField(default=280)
  86     remd_model1 = models.TextField(default='')
  87     remd_model2 = models.TextField(default='')
  88     remd_model3 = models.TextField(default='')
  89     remd_model4 = models.TextField(default='')
  90     remd_model5 = models.TextField(default='')
  91     remd_models = models.TextField(default='')
  92     remd_cluster_n = models.IntegerField(default=5)
  93
  94 #saxs
  95     scal_rad = models.FloatField(default=1.0)
  96     wsaxs = models.FloatField(default=1000.0)
  97     saxs_data = models.TextField(max_length=10000,default='')
  98
  99 #dock
 100     myfile2 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path2)
 101     pdbcode2 = models.CharField(max_length=6,default='')
 102     dock_peptide = models.BooleanField(default=False)
 103     md_seq2 = models.TextField(max_length=2000,default='')
 104
 105 #nmr
 106     use_nmr = models.BooleanField(default=False)
 107     myfile3 = models.FileField(default='',upload_to=user_directory_path3)
 108     nmr_scal = models.FloatField(default=20.0)
 109     nmr_fordepth = models.FloatField(default=0.5)
 110     nmr_slope = models.FloatField(default=0.05)
 111     linijek_nmr=models.IntegerField(default=0)
 112
 113 # system
 114     ready = models.BooleanField(default=False)
 115     done = models.BooleanField(default=False)
 116     running = models.IntegerField(default=0)
 117     type = models.CharField(max_length=100,default='')
 118     owner = models.ForeignKey(User,default=1)
 119     created_date = models.DateTimeField(default=timezone.now)
 120     jobdirname = models.CharField(max_length=100,default='')
 121     pbsjob = models.CharField(max_length=40,default='')
 122     example = models.CharField(max_length=10,default='')
 123     damino = models.BooleanField(default=False)
 124
 125     def __str__(self):
 126         if self.done:
 127             return "%s (done)" % self.name
 128         else:
 129             return self.name
 130
 131     def save(self, *args, **kwargs):
 132         logger.warning("Task model change (name=%s)" % self.name)
 133         logger.warning("Task model change (owner=%s)" % self.owner)
 134         super(Task, self).save(*args, **kwargs)