TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 option of automatic download file from PDB using id
   8
   9 check input pdb for:
  10         unknown residues,
  11         max length (1000),
  12         max number of dissulfides (30),
  13         etc,
  14         and display error
  15
  16 check input for other errors (sequence ?)
  17
  18 add web viewer NGL WebGL
  19
  20 add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  21
  22 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  23
  24 homology restraints input
  25
  26 other restrains input
  27
  28 automatic secondary structure restrains (psipred)
  29
  30 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  31       - button to make movie from selected trajectory after run
  32
  33 examples+gallery
  34
  35 documentation
  36
  37 automatic rm of old jobs ?
  38
  39 ### NAR requirements:
  40
  41 include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  42 for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  43 accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  44
  45 contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  46 interactively in the same way as real output. The help pages must include
  47 information on how to interpret the results returned by the web server
  48
  49 be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  50 for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  51 discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  52 no longer be accepted
  53
  54 provide a web link to the results if the website is not able to return
  55 results immediately. The link should be provided at the time of data
  56 submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  57 time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  58 or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  59 results notification. Any request for an email must state that it is
  60 optional. Websites that use a guest login will not be approved
  61
  62 keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  63 than the user or those given permission by the user
  64