TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 option of automatic download file from PDB using id
   8
   9 check input pdb for:
  10         unknown residues,
  11         max length (1000),
  12         max number of dissulfides (30),
  13         etc,
  14         and display error
  15
  16 check input for other errors (sequence ?)
  17
  18 add web viewer NGL WebGL
  19
  20 add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  21
  22 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  23
  24 homology restraints input
  25
  26 other restrains input
  27
  28 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  29       - button to make movie from selected trajectory after run
  30
  31 examples+gallery
  32
  33 documentation
  34
  35 automatic rm of old jobs ?
  36
  37 ### NAR requirements:
  38
  39 include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  40 for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  41 accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  42
  43 contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  44 interactively in the same way as real output. The help pages must include
  45 information on how to interpret the results returned by the web server
  46
  47 be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  48 for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  49 discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  50 no longer be accepted
  51
  52 provide a web link to the results if the website is not able to return
  53 results immediately. The link should be provided at the time of data
  54 submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  55 time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  56 or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  57 results notification. Any request for an email must state that it is
  58 optional. Websites that use a guest login will not be approved
  59
  60 keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  61 than the user or those given permission by the user
  62