TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 option of automatic download file from PDB using id
   8
   9 check input pdb for:
  10         unknown residues,
  11         max length (1000),
  12         max number of dissulfides (30),
  13         etc,
  14         and display error
  15
  16 check input for other errors (sequence ?)
  17
  18 add web viewer NGL WebGL
  19
  20 # add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  21 # done
  22
  23 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  24
  25 homology restraints input
  26
  27 other restrains input
  28
  29 automatic secondary structure restrains (psipred)
  30
  31 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  32       - button to make movie from selected trajectory after run
  33
  34 examples+gallery
  35
  36 documentation
  37
  38 automatic rm of old jobs ?
  39
  40 ### NAR requirements:
  41
  42 include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  43 for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  44 accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  45 # ?
  46
  47 contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  48 interactively in the same way as real output. The help pages must include
  49 information on how to interpret the results returned by the web server
  50 # ?
  51
  52 # be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  53 # for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  54 # discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  55 # no longer be accepted
  56 # OK
  57
  58 # provide a web link to the results if the website is not able to return
  59 # results immediately. The link should be provided at the time of data
  60 # submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  61 # time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  62 # or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  63 # results notification. Any request for an email must state that it is
  64 # optional. Websites that use a guest login will not be approved
  65 #
  66 # OK link uses task.id http://ha1.chem.univ.gda.pl:8001/details/942/
  67
  68 # keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  69 # than the user or those given permission by the user
  70 #
  71 # OK ? scramble task.id ? add user.id= 19da81cb0ad5492dac8e4eaefd28949e ?