TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 # option of automatic download file from PDB using id
   8 # done
   9
  10 check input pdb for:
  11 #        missing residues (chain breaks) - done
  12         unknown residues,
  13         max length (1000),
  14         max number of dissulfides (30),
  15         etc,
  16         and display error
  17
  18 check input for other errors (sequence ?)
  19
  20 add web viewer NGL WebGL
  21
  22 # add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  23 # done
  24
  25 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  26
  27 homology restraints input
  28
  29 # secondary structure restraints
  30 # done
  31
  32 other restraints input
  33
  34 # SAXS input
  35 # done
  36
  37 automatic secondary structure restrains (psipred)
  38
  39 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  40       - button to make movie from selected trajectory after run
  41
  42 # examples
  43 # done
  44
  45 gallery
  46
  47 documentation
  48
  49 automatic rm of old jobs ?
  50
  51 ### NAR requirements:
  52
  53 # include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  54 # for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  55 # accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  56 # OK
  57
  58 # contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  59 # interactively in the same way as real output. The help pages must include
  60 # information on how to interpret the results returned by the web server
  61 # OK
  62
  63 # be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  64 # for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  65 # discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  66 # no longer be accepted
  67 # OK
  68
  69 # provide a web link to the results if the website is not able to return
  70 # results immediately. The link should be provided at the time of data
  71 # submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  72 # time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  73 # or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  74 # results notification. Any request for an email must state that it is
  75 # optional. Websites that use a guest login will not be approved
  76 #
  77 # OK link uses task.id and user.id
  78 # http://ha1.chem.univ.gda.pl:8001/details1/19da81cb0ad5492dac8e4eaefd28949e/942/
  79
  80 links are not save - lazy user can read other lazy users jobs ?
  81
  82 # keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  83 # than the user or those given permission by the user
  84 #
  85 # OK - additionaly blocks links of regular user without login