TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 # option of automatic download file from PDB using id
   8 # done
   9
  10 check input pdb for:
  11         unknown residues,
  12         max length (1000),
  13         max number of dissulfides (30),
  14         etc,
  15         and display error
  16
  17 check input for other errors (sequence ?)
  18
  19 add web viewer NGL WebGL
  20
  21 # add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  22 # done
  23
  24 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  25
  26 homology restraints input
  27
  28 other restrains input
  29
  30 automatic secondary structure restrains (psipred)
  31
  32 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  33       - button to make movie from selected trajectory after run
  34
  35 # examples
  36 # done
  37
  38 gallery
  39
  40 documentation
  41
  42 automatic rm of old jobs ?
  43
  44 ### NAR requirements:
  45
  46 include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  47 for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  48 accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  49 # OK
  50
  51 contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  52 interactively in the same way as real output. The help pages must include
  53 information on how to interpret the results returned by the web server
  54 # ?
  55
  56 # be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  57 # for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  58 # discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  59 # no longer be accepted
  60 # OK
  61
  62 # provide a web link to the results if the website is not able to return
  63 # results immediately. The link should be provided at the time of data
  64 # submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  65 # time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  66 # or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  67 # results notification. Any request for an email must state that it is
  68 # optional. Websites that use a guest login will not be approved
  69 #
  70 # OK link uses task.id and user.id
  71 # http://ha1.chem.univ.gda.pl:8001/details1/19da81cb0ad5492dac8e4eaefd28949e/942/
  72
  73 # keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  74 # than the user or those given permission by the user
  75 #
  76 # OK - additionaly blocks links of regular user without login