CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_DFA_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dfa.F
  28         dihed_cons.F
  29         djacob.f
  30         econstr_local.F
  31         eigen.f
  32         elecont.f
  33         energy_split-sep.F
  34         entmcm.F
  35         fitsq.f
  36         gauss.f
  37         gen_rand_conf.F
  38         geomout.F
  39         gnmr1.f
  40         intcartderiv.F
  41         initialize_p.F
  42         int_to_cart.f
  43         intcor.f
  44         intlocal.f
  45         kinetic_lesyng.f
  46         lagrangian_lesyng.F
  47         local_move.f
  48         map.f
  49         matmult.f
  50         mc.F
  51         mcm.F
  52         MD_A-MTS.F
  53         minimize_p.F
  54         minim_mcmf.F
  55         misc.f
  56         moments.f
  57         MP.F
  58         MREMD.F
  59         muca_md.f
  60         parmread.F
  61         pinorm.f
  62         printmat.f
  63         prng_32.F
  64         q_measure.F
  65         randgens.f
  66         rattle.F
  67         readpdb.F
  68         readrtns.F
  69         refsys.f
  70         regularize.F
  71         rescode.f
  72         rmdd.f
  73         rmsd.F
  74         sc_move.F
  75         sort.f
  76         stochfric.F
  77         sumsld.f
  78         surfatom.f
  79         test.F
  80         timing.F
  81         thread.F
  82         unres.F
  83 )
  84
  85 set(UNRES_MD_DFA_SRC3
  86         energy_p_new_barrier.F
  87         energy_p_new-sep_barrier.F
  88         gradient_p.F )
  89
  90 set(UNRES_MD_DFA_PP_SRC
  91         cartder.F
  92         chainbuild.F
  93         checkder_p.F
  94         compare_s1.F
  95         dihed_cons.F
  96         dfa.F
  97         econstr_local.F
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         energy_split-sep.F
 101         entmcm.F
 102         gen_rand_conf.F
 103         geomout.F
 104         gradient_p.F
 105         initialize_p.F
 106         intcartderiv.F
 107         lagrangian_lesyng.F
 108         mc.F
 109         mcm.F
 110         MD_A-MTS.F
 111         minimize_p.F
 112         minim_mcmf.F
 113         MP.F
 114         MREMD.F
 115         parmread.F
 116         q_measure1.F
 117         q_measure3.F
 118         q_measure.F
 119         rattle.F
 120         readpdb.F
 121         readrtns.F
 122         regularize.F
 123         rmsd.F
 124         sc_move.F
 125         stochfric.F
 126         test.F
 127         thread.F
 128         timing.F
 129         unres.F
 130         proc_proc.c
 131 )
 132
 133
 134 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 135   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 136 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 137
 138 #================================================
 139 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 140 #================================================
 141 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 142   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 143   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 144   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 145   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 146   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 147 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 148   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 149   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 150   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 151   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 152   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 153 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 154
 155
 156 # Add MPI compiler flags
 157 if(UNRES_WITH_MPI)
 158   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 159   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 160   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 161   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 162 endif(UNRES_WITH_MPI)
 163
 164 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 165 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 166 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 167 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 168
 169 #=========================================
 170 # Settings for GAB force field
 171 #=========================================
 172 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 173   # set preprocesor flags
 174   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 175
 176 #=========================================
 177 #  Settings for E0LL2Y force field
 178 #=========================================
 179 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 180   # set preprocesor flags
 181   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 182 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 183
 184 #=========================================
 185 # System specific flags
 186 #=========================================
 187 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 188   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 189 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 190
 191 #=========================================
 192 # Compiler specific flags
 193 #=========================================
 194
 195 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 196   # Add ifort preprocessor flags
 197   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 198 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 199   # Add new gfortran flags
 200   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 201 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 202   # Add old gfortran flags
 203   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 204 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 205
 206 #=========================================
 207 # Add MPI preprocessor flags
 208 #=========================================
 209 if (UNRES_WITH_MPI)
 210   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 211 endif(UNRES_WITH_MPI)
 212
 213 #=========================================
 214 # add 64-bit specific preprocessor flags
 215 #=========================================
 216 if (architektura STREQUAL "64")
 217   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 218 endif (architektura STREQUAL "64")
 219
 220 #=========================================
 221 # Apply preprocesor flags to *.F files
 222 #=========================================
 223 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 224
 225
 226 #========================================
 227 #  Setting binary name
 228 #========================================
 229 if(UNRES_WITH_MPI)
 230   # binary with mpi
 231   set(UNRES_BIN "unresMD-DFA_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 232 else(UNRES_WITH_MPI)
 233   # binary without mpi
 234   set(UNRES_BIN "unresMD-DFA_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 235 endif(UNRES_WITH_MPI)
 236
 237 #=========================================
 238 # cinfo.f workaround for cmake
 239 #=========================================
 240 # get the current date
 241 TODAY(DATE)
 242 # generate cinfo.f
 243
 244 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 245 FILE(WRITE ${CINFO}
 246 "C CMake generated file
 247        subroutine cinfo
 248        include 'COMMON.IOUNITS'
 249        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 250        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 251 ")
 252
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 258 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 259 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 260
 261 FILE(APPEND ${CINFO}
 262 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 263        return
 264        end ")
 265
 266 # add include path
 267 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 268
 269 #=========================================
 270 # Set full unres MD sources
 271 #=========================================
 272 set(UNRES_MD_DFA_SRCS ${UNRES_MD_DFA_SRC0} ${UNRES_MD_DFA_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 273
 274
 275 #=========================================
 276 # Build the binary
 277 #=========================================
 278 add_executable(UNRES_BIN-MD-DFA ${UNRES_MD_DFA_SRCS} )
 279 set_target_properties(UNRES_BIN-MD-DFA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 280 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD-DFA PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 281 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 282
 283
 284 #=========================================
 285 # Link libraries
 286 #=========================================
 287 # link MPI library (libmpich.a)
 288 if(UNRES_WITH_MPI)
 289   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-DFA ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 290 endif(UNRES_WITH_MPI)
 291 # link libxdrf.a
 292 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 293 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-DFA xdrf )
 294
 295 #=========================================
 296 # TESTS
 297 #=========================================
 298
 299 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 300 #SET(UNRES_TEST_FILES
 301 #       ala10.inp
 302 #    )
 303
 304 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 305 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 306 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 307 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 308 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 309 #          POST_BUILD
 310 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 311 #      )
 312 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 313
 314 #=========================================
 315 # Generate data test files
 316 #=========================================
 317 #  test_single_ala.sh
 318 #=========================================
 319 #
 320 # Set parmaeters depending on force field
 321 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 322    set(UNRES_BONDPAR "bond.parm")
 323 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 324    set(UNRES_BONDPAR "bond_AM1.parm")
 325 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 326
 327 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 328 "#!/bin/sh
 329 export POT=GB
 330 export PREFIX=ala10
 331 #-----------------------------------------------------------------------------
 332 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 333 #-----------------------------------------------------------------------------
 334 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 335 export BONDPAR=$DD/${UNRES_BONDPAR}
 336 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 337 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 338 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 339 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 340 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 341 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 342 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 343 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 344 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 345 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 346 #-----------------------------------------------------------------------------
 347 $UNRES_BIN
 348 ")
 349
 350 #
 351 # File permissions workaround
 352 #
 353 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 354         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 355         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 356 )
 357
 358
 359
 360 #=========================================
 361 #  ala10.inp
 362 #=========================================
 363
 364 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 365 "ala10 unblocked
 366 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 367 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 368 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 369 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 370 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 371 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 372 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 373 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 374 12
 375 XAAAAAAAAAAX
 376  0
 377  0
 378    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 379    90.0000   90.0000
 380   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 381   180.0000
 382   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 383   110.0000  110.0000
 384  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 385  -120.0000 -120.0000
 386 ")
 387
 388
 389 # Add tests
 390
 391 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 392
 393   add_test(NAME UNRES_MD_DFA_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 394
 395 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 396
 397
 398   add_test(NAME UNRES_MD_DFA_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 399
 400 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 401